En una sociedad en la que héroes y villanos luchan continuamente en nombre de la paz y el caos, Deku, un estudiante de U.A. High School que aspira a ser el mejor héroe posible, se enfrenta al villano que imita al héroe al que admira desde hace tiempo. ¿Podrán Deku y el resto de la clase 1-A del instituto U.A. proteger el mundo acabando con Dark Might, el hombre que pretende ser el nuevo Símbolo de la Paz?

En la vida real, Suzu es una adolescente acomplejada atrapada en su pequeño pueblo de montaña con su padre. Pero en el mundo virtual de 'U', Suzu se convierte en Belle, un icono musical con más de cinco mil millones de seguidores. Su vida tomará un giro inesperado cuando Belle conozca a Bestia, una criatura tan fascinante como aterradora.

Mientras ponen en práctica sus habilidades de héroe en la pacífica isla de Nabu, los niños de la clase 1-A se enfrentan al ataque de un temible villano llamado Nine.

All Might y Deku aceptan una invitación para visitar una ciudad flotante llamada I Island donde conocen a una chica y pelean contra un villano que tiene a toda la isla de rehén.

El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.

Kyuta, un niño solitario que vive en el mundo de los humanos, y Kumatetsu, una bestia solitaria que vive en un mundo fantástico establecen una relación de maestro-aprendiz que se irá fortaleciendo con el tiempo. Superando su soledad, se darán cuenta cuánto se necesitan mutuamente. Su afortunado encuentro será el inicio de una aventura más allá de tu imaginación.

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.

Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!

Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.