Godzilla debe luchar contra una criatura de lodo y polución llamada Hedora, que representa la amenaza de la contaminación sobre el planeta.

Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.