¡Llega el combate definitivo! Los luchadores más fieros de ‘Baki Hanma’ y ‘Kengan Ashura’ se enfrentan en este «crossover» de artes marciales sin precedentes.

El agente Leon S. Kennedy tiene la misión de rescatar al Dr. Antonio Taylor de los secuestradores, cuando una misteriosa mujer frustra su persecución. Mientras el agente Chris Redfield investiga un brote de zombis en San Francisco.

Hitomi, Rui y Ai son hermanas y ladronas de gatos. Roban una pintura de un museo casi al mismo tiempo que Lupin III parece robar otra pintura él mismo. Ambas pinturas son parte de la serie de Michael Heinz titulada La niña y las flores. Para las niñas, las pinturas son pistas sobre el paradero de su padre desaparecido. Cuando se enteran de que Lupin persigue el mismo objetivo, se enciende un fuego dentro de ellos.

El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.

Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!

Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.