Cuando una misteriosa figura comienza a apuntar a los Alquimistas del Estado por sus pecados contra Dios, el Alquimista Edward Elric y su hermano Alphonse se encuentran en su punto más vulnerable de sus vidas. Mientras, los homúnculos comienzan a revelarse una vez más.

El largo y tortuoso viaje de los hermanos Elric llega a su épico final, en el que deben enfrentar una amenaza de otro mundo que afecta a todo el país.

El alquimista Edward Elric busca la manera de devolverle el cuerpo a su hermano Al. Pero tanto los militares como unos misteriosos monstruos le vigilan atentamente.

Esta película generada íntegramente por ordenador, es la continuación del videojuego de Square Enix; Final Fantasy VII y forma parte de una estrategía de la propia compañía para completar la historia de la saga. El argumento nos sitúa dos años después de Final Fantasy VII. Cloud Strife, el protagonista, vive solo en la iglesia de Aeris y está afectado por una extraña enfermedad, el GeoStigma, un virus que lo está matando poco a poco dejándole sin energía...