Suzume, una joven chica de diecisiete años que vive en un pueblo tranquilo en la región de Kyushu, en el suroeste de Japón. La historia comienza cuando Suzume conoce a un misterioso joven que busca una 'puerta'. Los dos viajan juntos y encuentran una puerta vieja en una casa abandonada en las montañas. Como si algo tirara de ella, Suzume extiende su mano hacia la puerta, lo que comienza una serie de eventos desafortunados en todo Japón.

En el Bosque de Okoya, Koko es un niño salvaje que ha sido criado como Pokémon por el Pokémon Mítico Zarude. Koko ha crecido sin dudar nunca de que es un Pokémon a pesar de que realmente no puede usar ningún tipo de movimiento. Ash Ketchum y Pikachu conocen a Koko y lo ayudan a proteger el Gran Árbol del científico corrupto Dr. Zed.

Un estudiante descubre el diario de su compañera Sakura, quien padece una enfermedad terminal. Al ser el único fuera de su familia que lo sabe, decide apoyarla y compartir tiempo con ella en sus últimos meses.

Taki y Mitsuha descubren un día que durante el sueño sus cuerpos se intercambian, y comienzan a comunicarse por medio de notas. A medida que consiguen superar torpemente un reto tras otro, se va creando entre los dos un vínculo que poco a poco se convierte en algo más romántico.

En la infinita y eterna grieta del espacio y tiempo, dos entidades que jamás debieron encontrarse, chocan en un combate de grandes proporciones. Una de ella es la deidad del tiempo Dialga quien logra herir a su contraparte Palkia, la deidad del espacio. Mientras tanto, en otro lugar un hombre lee el diario de un famoso arquitecto llamado Godey. En este, se predice lo que podría ser la destrucción del mundo debido a fuerzas poderosas que colisionan unas con otras...

Segunda entrega del famoso videojuego japonés. Ash Ketchum, Pokémon y sus amigos llegan a la isla de Shamouti, y allí se transformarán en los protagonistas de una leyenda reencarnada; el equilibrio de la naturaleza representado por las tres poderosas aves Moltres (que domina el fuego), Zapdos (que representa los relámpagos) y Articuno (que conserva el hielo). Cuando Moltres resulta secuestrada según la profecía sólo un humano podrá salvarla.