Suzume, una joven chica de diecisiete años que vive en un pueblo tranquilo en la región de Kyushu, en el suroeste de Japón. La historia comienza cuando Suzume conoce a un misterioso joven que busca una 'puerta'. Los dos viajan juntos y encuentran una puerta vieja en una casa abandonada en las montañas. Como si algo tirara de ella, Suzume extiende su mano hacia la puerta, lo que comienza una serie de eventos desafortunados en todo Japón.

Taki y Mitsuha descubren un día que durante el sueño sus cuerpos se intercambian, y comienzan a comunicarse por medio de notas. A medida que consiguen superar torpemente un reto tras otro, se va creando entre los dos un vínculo que poco a poco se convierte en algo más romántico.

Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca...