Hitomi, Rui y Ai son hermanas y ladronas de gatos. Roban una pintura de un museo casi al mismo tiempo que Lupin III parece robar otra pintura él mismo. Ambas pinturas son parte de la serie de Michael Heinz titulada La niña y las flores. Para las niñas, las pinturas son pistas sobre el paradero de su padre desaparecido. Cuando se enteran de que Lupin persigue el mismo objetivo, se enciende un fuego dentro de ellos.

La huérfana Sheeta ha heredado un misterioso cristal que la une al mítico reino de las nubes de Laputa. Con la ayuda del ingenioso Pazu y una graciosa banda de piratas del cielo, dirige su camino hacia las ruinas de la que fué, una gran civilización. Sheeta y Pazu deben ser más listos que el malvado Muska, quien planea usar la tecnología de Laputa para dominar el mundo.