Después de sus alocadas aventuras con el Emperador Kuzco y Pacha, el entrañable Kronk ha empezado una nueva y feliz vida trabajando como chef en su propio restaurante. Todo parece ir a las mil maravillas hasta que Kronk recibe la noticia de que su padre piensa hacerle una visita. Para que Papi se sienta orgulloso de él, Kronk decide aceptar la ayuda de la astuta y malvada Yzma, que promete convertirle en un “hombre de provecho”. Sin embargo, antes de que pueda darse cuenta, Kronk está metido en un montón de líos, de los que sólo podrá salir con la ayuda de sus amigos, que le enseñan la importancia de ser uno mismo...

La trama se centra de nuevo en Kenai (que había sido transformado en oso durante la primera parte) y sus aventuras en la pintoresca costa del Pacífico Norte al final de la Edad de Hielo. Kenai sueña repetidamente con su anterior vida como humano, cuando era niño y su mejor amiga era Nita, la hija del jefe de la tribu. Ahora ambos revivirán este pasado común cuando se ven obligados a embarcarse en una peligrosa aventura.

El arrogante y egoísta emperador Cuzco es traicionado y convertido en llama por la ambiciosa Yzma y su guardaespaldas Kronk. El emperador, que una vez lo tuvo todo, se verá abocado a confiar en un llano y simpático campesino llamado Pacha, para encontrarse a sí mismo.