Sólo un día después de regresar del pasado, Batman y sus aliados descubren que el mundo no es exactamente el mismo que dejaron. Toda la isla de Japón ya no existe y los héroes de la Liga de la Justicia tampoco. Pero antes de que puedan comprender lo que está pasando, los yakuza empiezan a llover literalmente del cielo. Secuela de la película anime 3D "Batman Ninja".

Un año después de perder a su madre, una niña se entera de que debe viajar a través de Japón a la reunión anual de dioses en la tierra sagrada de Izumo.

Tras el incidente en la Unión del Sudeste Asiático (SEAUn) en 2116, Shinya Kogami reanuda su viaje de vagabundeo. En una pequeña nación del sur de Asia, Kogami rescata a un autobús de refugiados atacados por las fuerzas armadas de la guerrilla. Entre los refugiados hay una joven llamada Tenzin, que ruega a Kogami que le enseñe a tomar represalias contra el enemigo. ¿Qué ven la chica que desea vengarse y el hombre que se ha vengado mientras contemplan el borde de un mundo del que no hay escapatoria?

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.