Cuando la Liga de la Justicia desaparece y los villanos invaden Metrópolis, sólo hay un equipo que pueda resolver ese misterio: Scooby-Doo y la pandilla. Pero, hay un nuevo perro en la ciudad. Krypto el super perro de Superman con sus súper poderes. Misterios S.A. necesitará toda la ayuda que pueda obtener cuando los fantasmas amenizan la sede de la Liga de la Justicia. El film nunca llegó a estrenarse ni anunciarse oficialmente, pero en marzo de 2023 se filtró completo en internet por un ‘leaker’ anónimo.

Kara, devastada por la pérdida de Krypton, lucha por adaptarse a su nueva vida en la Tierra. Superman la asesora. Mientras tanto, debe enfrentarse a un grupo misterioso llamado Dark Circle que busca un arma poderosa guardada en la bóveda de la Academia.