Aladdín y Jasmine viven felices en el palacio real, rodeados de lujos y de la magia del genio. Pero, muy lejos de allí, algo se remueve en las arenas del desierto: Iago, el loro dentudo de Jafar, ha logrado escapar de la lámpara que los mantenía presos a ambos. Tras traicionar a su amo, Iago decide vivir una nueva vida en donde él es el jefe. Pero Jafar esconde más de un as en la manga.

Por fin Aladdín se va a casar con la princesa Jasmine. A pesar de la presencia y ánimo de sus amigos Genio, Alfombra y el mono Abú, está algo preocupado: tiene miedo porque no sabe qué tipo de padre va a ser, si él nunca tuvo ninguno. Pero todas sus preocupaciones quedarán de lado cuando 40 ladrones irrumpen en la boda para robar un mágico talismán.

En la primera expedición (Atlantis: El Imperio Perdido), Milo y sus acompañantes encontraron la famosa ciudad perdida de Atlantis y salvaron al misterioso reino y a sus habitantes. Ahora, Milo, Kida y su equipo vivirán nuevas aventuras y descubrirán que poseen nuevos poderes. En su nueva misión, el equipo se enfrentará a enormes monstruos marinos, a espíritus espectaculares y poderosas leyendas recorriendo desde el polvoriento desierto del sudoeste hasta las heladas montañas nórdicas. A lo largo de esta aventura, Kida descubre el increíble poder de los cristales encantados de su ciudad y tiene que decidir si oculta ese poder en el Corazón de Atlantis o lo comparte con el resto del mando... Secuela directa a vídeo de la película de Disney de 2001.