Entre los acontecimientos de "Saw" y "Saw II", un enfermo y desesperado John Kramer viaja a México para someterse a un tratamiento médico arriesgado y experimental con la esperanza de encontrar una cura para su cáncer, pero descubre que todo forma parte de una operación con el fin de estafar a los más desesperados.

Dos amigos descubren una caja de rompecabezas en México, que desata el cenobite de Pinhead.

La historia se sitúa hace 5000 años en la célebre ciudad de Gomorrah, en la cual un malvado gobernador decide arrasar con todas las tribus nómadas del desierto. Las pocas tribús que sobreviven, que por naturaleza nunca han sido aliadas, deben unirse o morir. Sabiendo que su enemigo confía en las predicciones de un brujo, contratan a un afamado asesino, Mathayus, para que liquide al vidente. Tras infiltrarse en el campamento enemigo, Mathayus descubre que el brujo es una bella mujer. En lugar de asesinarla la conduce a los páramos del desierto profundo, sabiendo que los hombres del gobernador harán cualquier cosa con tal de rescatarla y llevarla de nuevo a su campamento. Gravemente herido tras la batalla, Mathayus debe encontrar la fuerza para llevar a sus exhautos aliados de vuelta a Gomorrah para luchar en la batalla final.