En una Tokio abandonada e infestada de burbujas y anomalías gravitatorias, un joven prodigioso tiene un encuentro trascendental con una chica muy enigmática.

Shin ha cerrado su corazón desde que su madre murió cuando él era joven. Su amiga de la infancia Kotori lo ha estado cuidando desde entonces. Ahora que están en el tercer año de la escuela secundaria, y parece que finalmente pueden avanzar, otro Shin de otro Japón apareció de repente frente a ellos.