Shōko, una niña con discapacidad auditiva, es víctima de acoso en su escuela, siendo Shōya su principal agresor. Cuando ella se cambia de colegio, él sufre el rechazo de sus compañeros y queda aislado. Años después, intenta enmendar su error y hacer las paces con Shōko.

Cronológicamente, la película se encuentra situada después de la huida de Sasuke con Orochimaru. La trama de la película ronda alrededor de una piedra llamada Gelel, que tiene un poder fuerte y misterioso. Había un clan que podía controlar los poderes de la piedra una vez con ese poder podían hacer madurar los árboles en un solo día y curar heridas al instante. Pero este poder llevó a la disputa y al final todo acabó en guerra.