Sólo un día después de regresar del pasado, Batman y sus aliados descubren que el mundo no es exactamente el mismo que dejaron. Toda la isla de Japón ya no existe y los héroes de la Liga de la Justicia tampoco. Pero antes de que puedan comprender lo que está pasando, los yakuza empiezan a llover literalmente del cielo. Secuela de la película anime 3D "Batman Ninja".

Tercera película basada en el manga Naruto y tercera desarrollada en el arco Shippûden. Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del país del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.