Continuación de las aventuras de Scooby y su pandilla de amigos, que en esta ocasión se enfrentan a un anónimo enmascarado con malvados planes para aterrorizar a la ciudad de Coolsville.

Cuatro espías de alta tecnología industrial roban un microchip ultrasecreto y confiadamente lo ocultan en un coche de juguete de control remoto. Por causa de una confusión de equipajes en el aeropuerto, la anciana señora Hess recoge el juguete y se lo regala a su vecino de ocho años Alex. Los espías desearán recuperar el valioso chip a toda costa, pero Alex está preparado para darles una cálida bienvenida.

Basada en los personajes de la serie Scooby-Doo, creados por Hanna Barbera. Dos años después de que un choque de egos obligase a Mystery Inc. a cerrar sus puertas, Scooby-Doo y sus avispados amigos son llamados individualmente a Spooky Island para investigar una serie de incidentes paranormales en el parque de atracciones. El propietario de Spooky Island, Emile Mondavarious trata de volver a unir a los jóvenes para que resuelvan el misterio antes de que su secreto sobrenatural ahuyente a la multitud de universitarios que lo frecuentan.