Durante la ocupación de Bagdad en 2003 por tropas estadounidenses, al subteniente Roy Miller (Matt Damon) y a su equipo les encargan la misión de recorrer el desierto en busca de armas de destrucción masiva supuestamente almacenadas allí. Registran escondite tras escondite, a cual más peligroso, pero en vez de letales agentes químicos, descubren un elaborado plan que cambia el propósito de su misión. Rodeado de agentes con objetivos contradictorios, Miller debe abrirse camino entre una maraña de espías en un país desconocido mientras intenta encontrar respuestas que quizá sirvan para salvar a un gobierno o para extender la guerra en una región muy inestable. No tardará en descubrir que, en un momento difícil y en una región explosiva, el arma más difícil de encontrar es la verdad.

Jason Bourne pensaba que había dejado atrás su pasado dos años antes. Durante ese tiempo, atormentado por un pasado que no consigue recordar, Bourne y Marie se trasladan de una ciudad a otra, viviendo de manera anónima y clandestina. Tratan de huir de una amenaza que creen percibir en la mirada de cualquier extraño, en cada llamada telefónica "equivocada". Cuando un agente aparece por la tranquila villa en la que se alojan, la pareja huye precipitadamente. Pero el juego del ratón y el gato ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción a Bourne para enfrentarse a un grupo de implacables asesinos profesionales.

Jason Bourne sigue investigando quién es y qué hay realmente detrás del programa secreto de la CIA llamado Treadstone. Ahora un reportero británico de "The Guardian" le pone sobre una nueva pista con el nombre de Blackbriar. Bourne dará con él en Londres, en un intento de encajar las últimas piezas de ese pasado que él aún intenta recuperar.