Cuando el problemático adolescente Michael vuelve a casa después de un año en una escuela militar, se encuentra a su madre, Susan, enamorada del que pronto será su padrastro, David, que se ha mudado a su casa. David dice que quiere formar la familia perfecta. Pero conforme empiezan a conocerse, Michael rápidamente se convence de que David está lejos de ser tan perfecto como aparenta…

Joe Kingman, jugador de fútbol americano, es un hombre soltero, famoso y millonario que lleva una vida de ensueño. Pero todo cambia repentinamente cuando descubre que tiene una hija de 7 años. Ahora, justamente en el momento más importante de su carrera, tiene que ingeniárselas para compatibilizar entrenamientos, fiestas y citas con la responsabilidad de ser padre.

El malvado Shredder tiene un único y perverso plan: acabar con los cuatro superhéroes Tortugas Ninja Mutantes, Raphael, Leonardo, Michelangelo y Donatello. Para ello, secuestra al profesor Jordan Perry, creador del "moco verde" que hace posible la mutación de las Tortugas. Poco después, Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar, convirtiéndolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharán e intentarán terminar con los superhéroes. Sin embargo, éstos logran hacen frente al peligroso criminal, con la ayuda de su maestro Splinter, la elegante periodista April y el repartidor de pizzas Keno.

Cuando un cetro mágico transporta por accidente a April al Japón del siglo XVII, los chicos se lanzan en su busca y aparecen, a través de la alcantarilla, ¡en la tierra de los samuráis! Ahora deben enfrentarse a Nortaga, el malvado Señor de la guerra, y recuperar el cetro que los transportará de vuelta a lo más profundo del metro de Nueva York.