Un tímido adolescente incapaz de decir «no» se pone a prueba cuando una obstinada joven, empeñada en encontrar a su madre, lo arrastra a un místico viaje durante un verano nevado.

Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!

Dos chicas jóvenes, Mei y Satsuki, se mudan a una nueva casa cerca del hospital en el que se encuentra su madre. En el patio junto a la casa, existe un gran árbol que es el hogar de tres Totoros, dioses de la selva. Poco después, reciben noticias desde el hospital de que su madre no puede venir a casa como había prometido, por lo que Mei (la más joven) se escapa para ir a visitarla. Satsuki tiene que recurrir a un Totoro para ayudar a encontrarla.