Durante años ha habido casos documentados de avistamientos de OVNIS en todo el mundo. Pero en 2011, lo que hasta ese momento eran simples avistamientos resulta una terrible realidad cuando la Tierra es atacada por fuerzas desconocidas. Mientras todos son testigos de cómo caen las grandes ciudades del mundo, Los Ángeles se convierte en el último bastión de la humanidad en una batalla que nadie esperaba. Un sargento de la Marina (Aaron Eckhart) y su división son los que tendrán que definir los límites frente a un enemigo como jamás se habían encontrado.

La Liga de la Justicia se enfrenta a una nueva y poderosa amenaza: ¡los Cinco Fatal! Superman, Batman y Wonder Woman buscan respuestas mientras el trío de Mano, Persuader y Tharok aterrorizan a Metropolis en busca de la linterna verde en ciernes, Jessica Cruz. Con su ayuda involuntaria, pretenden liberar a los miembros restantes de Fatal Five, Emerald Empress y Validus, para llevar a cabo su siniestro plan. Pero la Liga de la Justicia también ha descubierto un aliado de otro momento en el peculiar Star Boy, lleno de poder volátil, ¿podría ser la clave para frustrar a los Fatal Five? ¡Una batalla épica contra el mal final te espera!

Michelangelo, Donatello, Leonardo y Raphael regresan junto con April O’Neil, Vern Fenwick y un nuevo vigilante enmascarado, Casey Jones, para combatir a unos villanos aún más malignos y poderosos. El súper villano Shredder escapa de prisión y une sus fuerzas con el científico loco Baxter Stockman y sus dos secuaces, Bebob y Rocksteady, para llevar a cabo un diabólico plan para conquistar el mundo. Mientras las Tortugas se preparan para enfrentarse a Shredder y su banda, tendrán que luchar también con un nuevo enemigo, incluso más poderoso, y también con intenciones malignas: El General Krang.

Nueva York está en peligro debido a que Shredder y El Clan del Pie, dominan la ciudad y ejercen un férreo control sobre todo, incluyendo policía y políticos. Pero cuatro héroes, Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, saldrán de las alcantarillas y con la ayuda de la reportera April y su compañero Vern Fenwick intentarán salvar la ciudad.