Tres simios, la doctora Zira, Cornelius y el doctor Milo, han conseguido sobrevivir al desastre nuclear en su planeta y, tras arreglar la nave de los humanos, viajan en el tiempo hasta llegar a la Tierra de finales del siglo XX. Al llegar, mientras son estudiados en un centro de investigación para determinar su nivel de inteligencia, se niegan a revelar lo que saben sobre la civilización humana.

César, el simio que capitaneó la revuelta contra la raza humana, es un benévolo gobernante que fomenta la convivencia con los hombres, a pesar de la oposición del general Aldo, jefe militar de los simios. No obstante, los hombres que han sobrevivido al holocausto nuclear son considerados ciudadanos de segunda clase. César decide realizar un viaje a la "Ciudad Prohibida" con MacDonald y el sabio Virgil, en busca de unas cintas en las que estaría grabada la muerte de sus padres. Durante el viaje, es observado por un grupo de hombres mutantes que viven en la devastada zona de guerra. Éste es el motivo por el que el General Aldo desafiará la autoridad de César y, además, provocará un enfrentamiento entre simios y hombres, para dirimir quién gobernará el planeta.

Estados Unidos, 1991. Tras una epidemia que mató a todos los gatos y perros de la Tierra, los hombres decidieron adoptar como mascotas a los monos, que acabaron convertidos en sirvientes. Se creó entonces un centro para civilizar a los ejemplares salvajes, por medio de la violencia. Armando ha criado en secreto a César, el hijo de dos simios parlantes: Zira y Cornelius. Cuando César comprueba lo que los hombres están haciendo con los de su especie, manifiesta públicamente su desacuerdo y, desde ese momento, se ve obligado a ocultarse. Al descubrir que puede comunicarse con los suyos telepáticamente, empieza a tramar una insurrección: incita a la desobediencia general, arma a los suyos y empieza a entender que la inteligencia es poder.