Un día de verano, Kosuke y sus amigos deciden explorar un edificio que será demolido. Pero la aventura resulta ser más extraña de lo que pensaban: mágicamente, aparecen en medio del océano.

Shin ha cerrado su corazón desde que su madre murió cuando él era joven. Su amiga de la infancia Kotori lo ha estado cuidando desde entonces. Ahora que están en el tercer año de la escuela secundaria, y parece que finalmente pueden avanzar, otro Shin de otro Japón apareció de repente frente a ellos.

Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

Han pasado dos años desde que acabó la Cuarta Guerra Shinobi y con ello la última pelea entre Naruto y Sasuke. Konoha se encuentra en paz, pero un nuevo enemigo amenaza esta paz. La luna que fue creada por el sabio de los seis caminos cuando sello al Jūbi, se perturba y empieza a dirigirse a la tierra en forma de un meteorito gigante, se descubre que el causante de esta inminente tragedia es alguien llamado Toneri Ōtsutsuki quien es el último descendiente del Clan Ōtsutsuki, cuyos miembros habitaron en la luna los último mil años. En medio del inminente desastre Toneri Ōtsutsuki intenta secuestrar a Hinata, pero Hannabi, la hermana menor, es quien termina siendo raptada, es entonces donde Naruto y los demás deberán rescatarla y vencer a Toneri Ōtsutsuki antes de que sea demasiado tarde y así descubrir las verdaderas intenciones de Ōtsutsuki.

Nobita está obsesionado con conseguir un insecto que pueda rivalizar con el escarabajo de Gigante y pide ayuda a Doraemon para encontrar a mítico escarabajo extinto hace muchos años. En el primer intento no lo encuentran, pero se traen a un pájaro moa con ellos. Para evitar que se extinga, lo mandan a la isla Belegamond, un lugar donde viven especies animales extintas. Secuela de "Doraemon y el pequeño dinosaurio" (2006).

Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez. Quinta película basada en el manga/anime Naruto, y segunda dentro de la línea argumental Shippûden.