El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.

Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!

Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.

Una joven estudiante amante de los libros descubre que todos los libros que ha elegido en la biblioteca han sido previamente elegidos por una misma persona. Cuando descubre quién es conoce a Seiji, un joven que está aprendiendo el arte de fabricar violines.

Nicky no es una niña como otra cualquiera porque es aprendiz de bruja. Con solo 13 años y por tradición del oficio que está aprendiendo, la niña tiene que abandonar la casa de sus padres y buscar algún sitio donde sean necesarios sus servicios de bruja. Para emprender el viaje, Nicky se acompaña de su amigo Jiji y también de su gato; juntos, y sobre una escoba voladora, los amigos se instalan en un pueblecito que da al mar, donde la niña empezará a conocerse verdaderamente a sí misma.