En el año 2045, Motoko Kusanagi y la Sección 9 se enfrentan a una nueva y peligrosa amenaza en esta reedición en formato película de la primera temporada de ‘SAC_2045’.

En el pueblo de Saima, cuando el verano está a punto de comenzar, un grupo de seis estudiantes de secundaria pretenden vivir una aventura secreta pasando siete despreocupados días en una ruinosa instalación minera.

Tras conocerse un día radiante de sol, un joven tímido que se expresa con haikus y una chica alegre pero algo cohibida comparten un breve y mágico verano.

Shōko, una niña con discapacidad auditiva, es víctima de acoso en su escuela, siendo Shōya su principal agresor. Cuando ella se cambia de colegio, él sufre el rechazo de sus compañeros y queda aislado. Años después, intenta enmendar su error y hacer las paces con Shōko.

Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca...