En una sociedad en la que héroes y villanos luchan continuamente en nombre de la paz y el caos, Deku, un estudiante de U.A. High School que aspira a ser el mejor héroe posible, se enfrenta al villano que imita al héroe al que admira desde hace tiempo. ¿Podrán Deku y el resto de la clase 1-A del instituto U.A. proteger el mundo acabando con Dark Might, el hombre que pretende ser el nuevo Símbolo de la Paz?

Ryota Miyagi, un jugador inteligente y veloz, se une al equipo de baloncesto de Shohoku, donde compite junto a Sakuragi, Rukawa, Akagi y Mitsui en el campeonato nacional. Su próximo desafío: enfrentarse al campeón defensor, el instituto Sannoh Kogyo.

All Might y Deku aceptan una invitación para visitar una ciudad flotante llamada I Island donde conocen a una chica y pelean contra un villano que tiene a toda la isla de rehén.

En el último verano del siglo XX los seres humanos descubrieron que no son los únicos que gobiernan el planeta Tierra, pues aparecen enormes criaturas conocidas como “kaiju” y el ser definitivo que los destruye a todos: Godzilla. Debido a la batalla contra los monstruos que duró más de medio siglo, los humanos han experimentado una derrota tras otra hasta que, finalmente, deciden escapar de la Tierra. En el año 2048, solo aquellos seleccionados por la IA que controla el gobierno central pudieron subir a la nave emigrante intersideral Aratrum para dirigirse a Tau Ceti e, un planeta a 11,9 años luz del nuestro. Sin embargo, las diferencias en las condiciones ambientales son mucho peores de lo previsto y el nuevo mundo resulta ser uno imposible de habitar.

En un futuro los Kaijus lograrán conquistar la Tierra. La humanidad deberá dejar el que fuera su hogar durante mucho tiempo para mudarse a otro planeta que por desgracia no podrá albergarlos. Su única esperanza de sobrevivir es volver a la Tierra y vencer a Godzilla. Sin embargo, tras su regreso habrán pasado 20.000 años de dominio Kaiju, por lo que la humanidad deberá enfrentarse a lo peor.