Uta — la cantante más querida del mundo. Su voz, con la que canta mientras oculta su verdadera identidad, ha sido descrita como "de otro mundo". Ella aparecerá en público por primera vez en un concierto en vivo. A medida que el lugar se llena con todo tipo de fanáticos de Uta: piratas emocionados, la Armada observando de cerca y los Sombreros de Paja liderados por Luffy que simplemente vinieron a disfrutar de su actuación sonora, la voz que todo el mundo ha estado esperando está a punto de resonar. La historia comienza con el impactante hecho de que ella es la "hija de Shanks".

La película tiene lugar durante la Pirates Expo, "hecha por piratas para piratas", donde los piratas de todo el mundo, incluidos algunos de sus personajes más infames, se unen a la búsqueda de un gran tesoro para encontrar un tesoro perdido, esta vez el tesoro. Perteneció nada menos que a Gold Roger!

El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.

Luffy y el resto de Piratas de Sombrero de Paja deciden poner rumbo a una embarcación dorada y con muchas luces de neón de 10 kilómetros de largo. Es tan grande como una ciudad, reconocida como país independiente por el Gobierno Mundial y como la mayor ciudad del entretenimiento del mundo bajo el nombre de Gran Tesoro. Allí, piratas, marines y millonarios se dan cita en un “santuario absoluto” fuera del alcance del Gobierno Mundial gracias a la riqueza del Rey del Casino, Gildo Tesoro, un hombre del que se dice que posee un 20% del dinero del mundo. Pero no es oro todo lo que reluce y Gildo Tesoro se dispone a satisfacer su ambición sin límites, algo que podría cambiar para siempre las relaciones de poder del mundo… ¿Qué les espera allí a Luffy y a sus amigos? ¿La gloria eterna o una oscuridad insondable?

Kyuta, un niño solitario que vive en el mundo de los humanos, y Kumatetsu, una bestia solitaria que vive en un mundo fantástico establecen una relación de maestro-aprendiz que se irá fortaleciendo con el tiempo. Superando su soledad, se darán cuenta cuánto se necesitan mutuamente. Su afortunado encuentro será el inicio de una aventura más allá de tu imaginación.

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.

Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!

Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.

Se dice que su poder es comparable al de las Armas Ancestrales, la "carta de triunfo" de la Marina, "La Piedra Dyna", fue robada. El responsable es el temido y terriblemente poderoso, ex-Almirante de la Marina, un hombre llamado "Z", quien se cruza en el camino de los Piratas del Sombrero de Paja. El Cuartel General de la Marina se mueve hacia adelante para hacer frente a esta conspiración, que es capaz de hacer temblar los pilares del Nuevo Mundo. Por otra parte el ex-almirante Aokiji, persigue a los Sombreros de Paja por el Nuevo Mundo, mientras estos deciden enfrentar a Z y a su tripulación con su increíble poder.

Shiki "El León Dorado" que desea traer el infierno a la Tierra es el unico hombre que ha escapado de la gran prisión Impel Down. Justo después de su salida de Thriller Bark la Tripulación del Sombrero de Paja y Shiki entra en un enfrentamiento, Shiki secuestra a Nami, entonces Luffy y sus compañeros se embarcan en su búsqueda.

Nicky no es una niña como otra cualquiera porque es aprendiz de bruja. Con solo 13 años y por tradición del oficio que está aprendiendo, la niña tiene que abandonar la casa de sus padres y buscar algún sitio donde sean necesarios sus servicios de bruja. Para emprender el viaje, Nicky se acompaña de su amigo Jiji y también de su gato; juntos, y sobre una escoba voladora, los amigos se instalan en un pueblecito que da al mar, donde la niña empezará a conocerse verdaderamente a sí misma.