La historia de 'Artemis Fowl' es la de un niño de 12 años de edad que está a punto de arrebatar el poder al mundo subterráneo. Lo que él todavía no sabe es que sus habitantes: hadas, duendes, elfos... no son las criaturas maravillosas que siempre hemos imaginado y no van a consentir que un humano conozca sus secretos más sagrados. Como él, van armados hasta las barbas y conocen las últimas tecnologías: se prepara un trepidante duelo que puede provocar una auténtica guerra entre las especies del planeta.

La trama de la película gira en torno a un joven llamado Tim Lake. El protagonista y su familia tienen el curioso don de poder viajar a través del tiempo. Al descubrir esta cualidad, Tim empieza a beneficiarse de ello para cambiar diferentes aspectos de su vida. Se enamora de una chica, Mary, a la que conoce tras transladarse a vivir a Londres por motivos de trabajo. Su historia de amor se verá beneficiada gracias al don de Tim, sin embargo, el protagonista no tardará en darse cuenta de que su habilidad no es capaz de ampararle en algunos problemas y cuestiones familiares.