Max Kirkpatrick (William Baldwin) es un brillante agente de policía que se ve obligado a proteger a la atractiva Kate McQuean (Cindy Crawford), una prestigiosa abogada de derechos civiles de Miami que ve su vida amenazada por una banda de antiguos agentes del KGB liderada por un importante hombre de negocios de la antigua Unión Soviética.

Jason Bourne pensaba que había dejado atrás su pasado dos años antes. Durante ese tiempo, atormentado por un pasado que no consigue recordar, Bourne y Marie se trasladan de una ciudad a otra, viviendo de manera anónima y clandestina. Tratan de huir de una amenaza que creen percibir en la mirada de cualquier extraño, en cada llamada telefónica "equivocada". Cuando un agente aparece por la tranquila villa en la que se alojan, la pareja huye precipitadamente. Pero el juego del ratón y el gato ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción a Bourne para enfrentarse a un grupo de implacables asesinos profesionales.