Tras la desaparición de Spock y la creación del planeta Génesis, la tripulación del Enterprise se dispone a localizar el cuerpo de su compañero, a petición del padre de éste.

En el siglo XXIII, un misterioso poder alienígena amenaza la Tierra, evaporando los océanos y destruyendo la atmósfera. En un frenético intento para salvar a la humanidad, el Capitán Kirk y su tripulación viajan en el tiempo y regresan al San Francisco de 1986, encontrándose con un mundo de punks, pizza y autobuses de cambio exacto, que les resultan tan alienígenas como todo lo que han encontrado en los lugares más recónditos de la galaxia.

Tras años de guerra, la Federación y el Imperio Klingon se disponen a celebrar una conferencia de paz. Pero el panorama de una negociación intergaláctica, con implacables enemigos, preocupa al Almirante Kirk. Cuando una nave Klingon es atacada y responsabilizan al Enterprise, ambos mundos se preparan para el que puede ser su encuentro definitivo.

La nave Enterprise se dirige al planeta Nimbus III, para negociar la liberación de unos embajadores secuestrados. Allí descubrirán que el jefe de la banda es un pariente de Spock, obsesionado por encontrar el planeta que es considerado la fuente de la vida.

James T. Kirk, Montgomery Scott y Pavel Chekov asisten al viaje inaugural del USS Enterprise-B, que es requerido para ayudar a un convoy de naves que se hallan atrapadas en un cinturón de energía. Debido a la inexperiencia del capitán, Kirk decide ayudar pero cuando la cubierta donde se hallaba es destruida por una ráfaga de energía, es dado por muerto.

Siglo XXIII. Al Almirante James T. Kirk, de la nave Enterprise, se le encomienda una difícil misión: neutralizar un extraño cuerpo para que no colisione con la Tierra. El Oficial Spock, el Capitán Willard Decker, la Asesora Ilía y el Doctor McCoy ayudan al Almirante Kirk a descubrir la naturaleza de este cuerpo sideral, provisto de un mecanismo de inteligencia de origen terrestre. La expedición del Enterprise localiza al ente y entonces se apresta a introducirse en su centro de operaciones...

El Enterprise transporta a un grupo de científicos que se disponen a poner a prueba el mayor experimento jamás imaginado por el hombre: la formación de vida en un planeta inerte.