Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.

Thomas Anderson lleva una doble vida: por el día es programador en una importante empresa de software, y por la noche un hacker informático llamado Neo. Su vida no volverá a ser igual cuando unos misteriosos personajes le inviten a descubrir la respuesta a la pregunta que no le deja dormir: ¿qué es Matrix?