Un hombre amnésico es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. Carece de identidad y de pasado, pero posee unas serie de talentos extraordinarios en artes lingüísticas, marciales y de autodefensa que sugieren una profesión de riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso.

Jason Bourne pensaba que había dejado atrás su pasado dos años antes. Durante ese tiempo, atormentado por un pasado que no consigue recordar, Bourne y Marie se trasladan de una ciudad a otra, viviendo de manera anónima y clandestina. Tratan de huir de una amenaza que creen percibir en la mirada de cualquier extraño, en cada llamada telefónica "equivocada". Cuando un agente aparece por la tranquila villa en la que se alojan, la pareja huye precipitadamente. Pero el juego del ratón y el gato ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción a Bourne para enfrentarse a un grupo de implacables asesinos profesionales.