Un joven aventurero llamado Milo encuentra un antiguo diario que contiene pistas de cómo llegar a Atlantis, el mítico reino hundido. Junto a otros intrépidos personajes Milo decide embarcarse en el Ulises, un impresionante submarino, en una arriesgada expedición al fondo del mar.

En la primera expedición (Atlantis: El Imperio Perdido), Milo y sus acompañantes encontraron la famosa ciudad perdida de Atlantis y salvaron al misterioso reino y a sus habitantes. Ahora, Milo, Kida y su equipo vivirán nuevas aventuras y descubrirán que poseen nuevos poderes. En su nueva misión, el equipo se enfrentará a enormes monstruos marinos, a espíritus espectaculares y poderosas leyendas recorriendo desde el polvoriento desierto del sudoeste hasta las heladas montañas nórdicas. A lo largo de esta aventura, Kida descubre el increíble poder de los cristales encantados de su ciudad y tiene que decidir si oculta ese poder en el Corazón de Atlantis o lo comparte con el resto del mando... Secuela directa a vídeo de la película de Disney de 2001.