Después de sus alocadas aventuras con el Emperador Kuzco y Pacha, el entrañable Kronk ha empezado una nueva y feliz vida trabajando como chef en su propio restaurante. Todo parece ir a las mil maravillas hasta que Kronk recibe la noticia de que su padre piensa hacerle una visita. Para que Papi se sienta orgulloso de él, Kronk decide aceptar la ayuda de la astuta y malvada Yzma, que promete convertirle en un “hombre de provecho”. Sin embargo, antes de que pueda darse cuenta, Kronk está metido en un montón de líos, de los que sólo podrá salir con la ayuda de sus amigos, que le enseñan la importancia de ser uno mismo...

Stanley Yelnats (palíndromo) es un joven que va a parar a un campo de trabajo juvenil por un delito que no ha cometido. La guardiana del campo obliga a los chicos a cavar grandes hoyos en un lago seco. Alega que, aunque esa actividad parezca inútil, contribuye a forjar el carácter; en realidad lo que ocurre es que está buscando un legendario tesoro.

El arrogante y egoísta emperador Cuzco es traicionado y convertido en llama por la ambiciosa Yzma y su guardaespaldas Kronk. El emperador, que una vez lo tuvo todo, se verá abocado a confiar en un llano y simpático campesino llamado Pacha, para encontrarse a sí mismo.