Sólo un día después de regresar del pasado, Batman y sus aliados descubren que el mundo no es exactamente el mismo que dejaron. Toda la isla de Japón ya no existe y los héroes de la Liga de la Justicia tampoco. Pero antes de que puedan comprender lo que está pasando, los yakuza empiezan a llover literalmente del cielo. Secuela de la película anime 3D "Batman Ninja".

La humanidad, sus aliados alienígenas y Godzilla están a punto de llegar a su fin cuando la poderosa entidad Ghidorah llega a la Tierra.

En un futuro los Kaijus lograrán conquistar la Tierra. La humanidad deberá dejar el que fuera su hogar durante mucho tiempo para mudarse a otro planeta que por desgracia no podrá albergarlos. Su única esperanza de sobrevivir es volver a la Tierra y vencer a Godzilla. Sin embargo, tras su regreso habrán pasado 20.000 años de dominio Kaiju, por lo que la humanidad deberá enfrentarse a lo peor.