Hitomi, Rui y Ai son hermanas y ladronas de gatos. Roban una pintura de un museo casi al mismo tiempo que Lupin III parece robar otra pintura él mismo. Ambas pinturas son parte de la serie de Michael Heinz titulada La niña y las flores. Para las niñas, las pinturas son pistas sobre el paradero de su padre desaparecido. Cuando se enteran de que Lupin persigue el mismo objetivo, se enciende un fuego dentro de ellos.

Una chica se transforma en un gato para llamar la atención del chico que le gusta. Sin darse cuenta, la línea entre lo humano y lo animal comienza a desdibujarse.

La historia se retoma desde los últimos hechos acontecidos en la serie. Violet sigue trabajando como muñeca sin olvidar a Gilbert. En su camino se cruza Ulysse Yurith, un niño enfermo que le pide a la muñeca que redacte cartas de despedida para su familia. Además, Violet se topa con una carta que cambiará el destino de su vida. ¿Podría Gilbert haberse salvado y seguir vivo en algún lugar?

Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.