Skypper, Kowalsky, Rico y Cabo, los superagentes pingüinos, tienen que salvar el mundo en una misión para la que llevan prepárandose toda la vida. Dicha misión tendrán que realizarla junto al denominado equipo "Viento del norte", un comando de élite especializado en salvar animales que no pueden defenderse por si solos.

Cuenta la historia de cuatro divertidos animales del zoo de Central Park, Nueva York, (Alex el león, Marty la cebra, Gloria la hipopótamo y Melman la jirafa). Llevan toda su vida encerrados en cautividad sin poder experiemtnar el sabor de la libertad y se han propuesto idear un plan para salir de allí juntos. Un día, una serie de casualidades les llevan a lograr lo que tanto ansiaban y huyen de aquel lugar. Terminan en plena naturaleza, concretamente en la idílica isla de Madagascar. Allí descubrirán, a base de apasionantes aventuras, que la vida salvaje es muy diferente a lo que ellos pensaban y que vivir en libertad no es tan fácil como imaginaban.