El pobre Beethoven, un perro San Bernardo, escapa milagrosamente de las garras de una banda de ladrones que ha robado la tienda de animales donde estaba. Después de pasar la noche oculto en un frío y húmedo cubo de basura despierta en el hogar de sus sueños: una casa maravillosa con un enorme jardín y niños.

La "Petrox Company" envía una expedición, dirigida por Fred Wilson, a la Micronesia con la intención de encontrar petróleo. Con ellos va Jack Prescott, cuyo objetivo es encontrar un monstruo prehistórico. Durante la travesía, se encuentran un bote con una mujer que se ha salvado del naufragio del barco en que viajaba con un productor de cine. Cuando desembarcan, descubren una gran empalizada, y dentro observan que unos nativos colocan a una mujer nativa en una plataforma, mientras invocan a una misteriosa deidad animal.

Como todas las mañanas la familia Newton sale al trabajo: los niños al colegio y los padres a la oficina. Beethoven aprovecha la ocasión para pasear por el parque, y allí se encuentra con Missy, una perra muy coqueta, y entre ellos surge un flechazo. Poco tiempo después tienen unos preciosos cachorros, pero entonces surgirán los problemas.