En un mundo compuesto por dos realidades, lo cotidiano y lo oculto tras ella, Thomas Anderson se ve obligado de nuevo a ir tras el conejo blanco. Dicha elección continúa siendo la vía de acceso a Matrix, que esta vez es más poderosa e intrincada que en ocasiones anteriores.

Cuando cumple 18 años, Heather Mason decide buscar a su padre. Las pesadillas que la acechan la conducen a la ciudad de la niebla eterna, donde acabará descubriendo el misterio de Silent Hill. Secuela de la película Silent Hill, basada en una saga de videojuegos homónima.

Kale está confinado bajo arrestro domiciliario tras pegar a su profesor. Como la casa se le echa encima, se convierte en un mirón que vigila todos los movimientos en su vecindario. Tras observar varias veces que hay invitados que entran pero nunca llegan a salir de la casa de su vecino Robert Turner, Kale empieza a sospechar que quizás se trate de un asesino en serie.

Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.

Thomas Anderson lleva una doble vida: por el día es programador en una importante empresa de software, y por la noche un hacker informático llamado Neo. Su vida no volverá a ser igual cuando unos misteriosos personajes le inviten a descubrir la respuesta a la pregunta que no le deja dormir: ¿qué es Matrix?

Quedan veinte horas para la irrupción de las máquinas en Sión, el último bastión de los humanos libres. Mientras el cuerpo de Neo permanece en coma, su consciencia se encuentra en tierra de nadie, en un lugar entre el mundo humano y el de las máquinas.

Leonard Shelby sigue la pista del hombre que violó y asesinó a su mujer. Sin embargo, la dificultad de localizar al asesino de su esposa se ve agravada por el hecho de que padece una forma rara e intratable de pérdida de memoria a corto plazo. Aunque puede recordar detalles de la vida antes de su accidente, Leonard no puede recordar qué ha pasado hace quince minutos, adónde va o por qué.