Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.

Han pasado dos años desde que acabó la Cuarta Guerra Shinobi y con ello la última pelea entre Naruto y Sasuke. Konoha se encuentra en paz, pero un nuevo enemigo amenaza esta paz. La luna que fue creada por el sabio de los seis caminos cuando sello al Jūbi, se perturba y empieza a dirigirse a la tierra en forma de un meteorito gigante, se descubre que el causante de esta inminente tragedia es alguien llamado Toneri Ōtsutsuki quien es el último descendiente del Clan Ōtsutsuki, cuyos miembros habitaron en la luna los último mil años. En medio del inminente desastre Toneri Ōtsutsuki intenta secuestrar a Hinata, pero Hannabi, la hermana menor, es quien termina siendo raptada, es entonces donde Naruto y los demás deberán rescatarla y vencer a Toneri Ōtsutsuki antes de que sea demasiado tarde y así descubrir las verdaderas intenciones de Ōtsutsuki.

La historia empieza 14 años después del Casi Tercer Impacto, el gobierno japonés decide desmantelar NERV y arrestar a su personal, durante los 14 años varios miembros de NERV obtienen su libertad y deciden formar una organización llamada WILL-E cuyo supuesto propósito es limpiar los mares, en realidad tratan de detener los planes de la nueva NERV. Ikari Shinji se despierta y ve lo que él provocó, tratando de arreglarlo, sin darse cuenta de lo que provocaría

Cronológicamente, la película se encuentra situada después de la huida de Sasuke con Orochimaru. La trama de la película ronda alrededor de una piedra llamada Gelel, que tiene un poder fuerte y misterioso. Había un clan que podía controlar los poderes de la piedra una vez con ese poder podían hacer madurar los árboles en un solo día y curar heridas al instante. Pero este poder llevó a la disputa y al final todo acabó en guerra.

En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".