Kenshin Himura inicia la búsqueda de un misterioso traficante de armas llamado Enishi Yukishiro que controla el bajo mundo de China. Durante su misión se desvelará también el secreto de "Jujishou", un elemento íntimamente ligado al propio Himura.

Cuando un monstruo enorme y con branquias emerge de las profundidades y arrasa la ciudad, el gobierno se apresura a salvar a sus ciudadanos. Un equipo de voluntarios improvisado corta una red de trámites burocráticos para descubrir la debilidad del monstruo y sus misteriosos vínculos con una superpotencia extranjera. Pero el tiempo no está de su lado: la mayor catástrofe que jamás haya asolado el mundo está a punto de ocurrir ante sus propios ojos.

Una joven estudiante amante de los libros descubre que todos los libros que ha elegido en la biblioteca han sido previamente elegidos por una misma persona. Cuando descubre quién es conoce a Seiji, un joven que está aprendiendo el arte de fabricar violines.