Cuando Goku y sus amigos están en un día de campo, aparecen unos soldados misteriosos con una armadura similar a las del Ejército de Freezer a luchar contra ellos, el único que pudo con ellos fue Goku. Pero en ese momento llega preciso momento llega un sujeto llamado Cooler, el cual resulta ser el hermano mayor de Freezer que llegó a la Tierra para vengar su muerte.

El celebre bandido Lupin III y su camarada Jigen huyen después de robar el casino nacional de Mónaco, para luego descubrir que el dinero es falso. Los billetes son de una calidad muy alta y podían ser unas legendarias falsificaciones perfectas que han hecho estremecer las economías de naciones desde la invención del papel moneda. Estas se originan al parecer en el ducado de Cagliostro, por lo que el intrepido Lupin y sus amigos deciden hacerles una pequeña visita.

La huérfana Sheeta ha heredado un misterioso cristal que la une al mítico reino de las nubes de Laputa. Con la ayuda del ingenioso Pazu y una graciosa banda de piratas del cielo, dirige su camino hacia las ruinas de la que fué, una gran civilización. Sheeta y Pazu deben ser más listos que el malvado Muska, quien planea usar la tecnología de Laputa para dominar el mundo.