En el Bosque de Okoya, Koko es un niño salvaje que ha sido criado como Pokémon por el Pokémon Mítico Zarude. Koko ha crecido sin dudar nunca de que es un Pokémon a pesar de que realmente no puede usar ningún tipo de movimiento. Ash Ketchum y Pikachu conocen a Koko y lo ayudan a proteger el Gran Árbol del científico corrupto Dr. Zed.

En la infinita y eterna grieta del espacio y tiempo, dos entidades que jamás debieron encontrarse, chocan en un combate de grandes proporciones. Una de ella es la deidad del tiempo Dialga quien logra herir a su contraparte Palkia, la deidad del espacio. Mientras tanto, en otro lugar un hombre lee el diario de un famoso arquitecto llamado Godey. En este, se predice lo que podría ser la destrucción del mundo debido a fuerzas poderosas que colisionan unas con otras...

Segunda entrega del famoso videojuego japonés. Ash Ketchum, Pokémon y sus amigos llegan a la isla de Shamouti, y allí se transformarán en los protagonistas de una leyenda reencarnada; el equilibrio de la naturaleza representado por las tres poderosas aves Moltres (que domina el fuego), Zapdos (que representa los relámpagos) y Articuno (que conserva el hielo). Cuando Moltres resulta secuestrada según la profecía sólo un humano podrá salvarla.