2112; durante el anterior verano Akane Tsunemori fue asignada a la División Uno del Departamento de Investigación Criminal de la Oficina de Seguridad Pública. Teppei Sugo, un consumado piloto de la 15ª Fuerza de Tarea Integrada del Ejército de Defensa, se une a la operación militar en Okinawa. Tres meses después, un combate no tripulado El avión no tripulado abre fuego contra el Ministerio de Defensa en Tokio. El ejecutor Tomomi Masaoka de la División 1 del CID es enviado a la base militar de Sugo para investigar la verdad detrás de este caso.

En el invierno de 2117, un vehículo desbocado se estrella contra el edificio de la Oficina de Seguridad Pública. El conductor es identificado como Izumi Yasaka, un consejero psicológico en el Santuario, un centro de aislamiento criminal latente en la Prefectura de Aomori. Pero justo antes de su interrogatorio, la agente del orden Mika Shimotsuki y el inspector Nobuchika Ginoza tienen la tarea de escoltar rápidamente a Yasaka de vuelta a Aomori. Lo que les espera allí es un falso paraíso.

Cronológicamente, la película se encuentra situada después de la huida de Sasuke con Orochimaru. La trama de la película ronda alrededor de una piedra llamada Gelel, que tiene un poder fuerte y misterioso. Había un clan que podía controlar los poderes de la piedra una vez con ese poder podían hacer madurar los árboles en un solo día y curar heridas al instante. Pero este poder llevó a la disputa y al final todo acabó en guerra.