Un cubo misterioso. Seis hombres y mujeres se ven de repente atrapados en 'Cube'. No está claro dónde está, ni por qué están atrapados, ni si hay una salida, ni si sobrevivirán, ni siquiera qué es la habitación.

En plena época de los samurái, los alienígenas (conocidos como Amanto) invadieron Japón y, pese a la resistencia de varios fieros guerreros Joui, consiguieron tomar el país, llevando a Edo hasta una etapa de esplendor medio futurista. En medio de todo esto está Gintoki, samurái que luchó en la guerra contra los Amanto, pero que ahora se dedica a hacer cualquier trabajo que se le encargue en la Yorozuya, su oficina de chico para todo. La historia se centra en su día a día, y mediante tanto capítulos autoconclusivos como sagas largas se verá la cantidad de locuras inverosímiles que le suceden, a cada cual más extraña.