En el Japón de la posguerra, Godzilla trae una nueva devastación a un paisaje ya abrasado. Sin intervención militar ni ayuda gubernamental a la vista, los supervivientes deben unirse frente a la desesperación y luchar contra un horror implacable.
Un alienígena que busca justicia persigue a un criminal hasta un planeta llamado Tierra. Para expiar sus pecados decide ceder su poder a un humano que se convierte en un héroe llamado a proteger su mundo. Así es como nace «The Ultra Man», una reimaginación del famoso superhéroe japonés omnipresente en la TV de la década de los años 60.
Cuando un monstruo enorme y con branquias emerge de las profundidades y arrasa la ciudad, el gobierno se apresura a salvar a sus ciudadanos. Un equipo de voluntarios improvisado corta una red de trámites burocráticos para descubrir la debilidad del monstruo y sus misteriosos vínculos con una superpotencia extranjera. Pero el tiempo no está de su lado: la mayor catástrofe que jamás haya asolado el mundo está a punto de ocurrir ante sus propios ojos.
Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro… ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?…
Godzilla debe luchar contra una criatura de lodo y polución llamada Hedora, que representa la amenaza de la contaminación sobre el planeta.
Tras la destrucción de un submarino empiezan a cobrar importancia las teorías del profesor mafune, un cientifico que hace 15 años dijo que todavia existía un dinosaurio vivo en el área donde se destruyo el laberinto, asi pues se intentara localizar a mafune el cual lleva años desaparecido ya que esta planeando vengarse de la tierra aliándose con unos alienigenas que pretenden conquistar el planeta.