Veintidós años después de lo ocurrido en Jurassic Park, la isla Nublar ha sido transformada en un parque temático, Jurassic Wold, con versiones «domesticadas» de algunos de los dinosaurios más conocidos. Cuando todo parece ir a la perfección y ser el negocio del siglo, un nuevo dinosaurio de especie todavía desconocida y que es mucho más inteligente de lo que se pensaba, comienza a causar estragos entre los visitantes del Parque.
Basada en los personajes de la serie Scooby-Doo, creados por Hanna Barbera. Dos años después de que un choque de egos obligase a Mystery Inc. a cerrar sus puertas, Scooby-Doo y sus avispados amigos son llamados individualmente a Spooky Island para investigar una serie de incidentes paranormales en el parque de atracciones. El propietario de Spooky Island, Emile Mondavarious trata de volver a unir a los jóvenes para que resuelvan el misterio antes de que su secreto sobrenatural ahuyente a la multitud de universitarios que lo frecuentan.
El multimillonario John Hammond tiene una idea para un espectacular parque temático: una isla retirada donde los visitantes puedan observar dinosaurios reales. Con la última tecnología en el desarrollo de ADN, los científicos pueden clonar braquiosaurios, triceratops, velociraptors y un tiranosaurio rex, utilizando para ello la sangre fosilizada en ámbar contenida en insectos que los mordieron hace millones de años. Los paleontólogos Alan Grant, Ellie Sattler y Ian Malcolm visitan el parque y quedan muy sorprendidos con los resultados obtenidos. Pero cuando un problemático empleado manipula el sofisticado sistema de seguridad los dinosaurios escapan, obligando a los visitantes a luchar por su supervivencia.
Han pasado cuatro años desde la devastación del Parque Jurásico, y el Dr Malcom está a punto de descubrir que algo ha sobrevivido. En una isla de Costa Rica perteneciente a la Costa de las Cinco Muertes, los dinosaurios viven y se reproducen en libertad. Se trata de la llamada zona B: el lugar que servía como laboratorio genético. Después de que John Hammond llevara a la empresa a la bancarrota, su sobrino Peter ha tomado las riendas y está dispuesto a levantar la compañía explotando la peligrosa zona.