Gotham City se enfrenta a dos nuevos y peculiares criminales: el diabólico y siniestro Pingüino, una criatura solitaria y extrañamente deformada, y la hermosa y seductora -aunque letalmente peligrosa- Catwoman. Batman se deberá enfrentar a Pingüino, que quiere convertirse en el amo de la ciudad.
Atormentado por haber visto morir a sus padres delante suyo, Bruce Wayne se enfunda cada noche en el traje de Batman, adopta la terrorífica forma de un murciélago y surca los tejados de Gotham City combatiendo el crimen y manteniendo a raya la corrupción de su ciudad. Pero esta vez Batman tendrá que enfrentarse a su más terrible enemigo, El Joker, que pretende someter a toda la ciudad bajo los deseos de su mente perturbada.
¿Cómo cambia un hombre el mundo? Es una pregunta que obsesiona a Bruce Wayne al igual que el fantasma de sus padres, muertos a tiros ante sus ojos en las calles de Gotham una noche que cambió su vida para siempre. Atormentado por la culpa y la ira, el desilusionado heredero industrial desaparece de Gotham y viaja en secreto por el mundo, buscando los medios de luchar contra la injusticia y utilizar el miedo contra los que se aprovechan de los que tienen miedo. Con la ayuda de su leal mayordomo Alfred, el detective Jim Gordon – uno de los pocos buenos policías de las fuerzas del orden público de Gotham – y Lucius Fox, su aliado en la división de Ciencias Aplicadas de Wayne Enterprises, Bruce Wayne libera a su imponente alter ego: Batman, un justiciero enmascarado que utiliza la fuerza, la inteligencia y un despliegue de artefactos de alta tecnología para combatir las fuerzas siniestras que amenazan con destruir la ciudad.
Batman/Bruce Wayne regresa para continuar su guerra contra el crimen. Con la ayuda del teniente Jim Gordon y del Fiscal del Distrito Harvey Dent, Batman se propone destruir el crimen organizado en la ciudad de Gotham. El triunvirato demuestra su eficacia, pero, de repente, aparece Joker, un nuevo criminal que desencadena el caos y tiene aterrados a los ciudadanos.