La historia se ambienta en el año 490 a.C., unos diez años antes de la batalla de las Termópilas. El general griego Temistocles intenta unir las polis griegas para combatir a los persas invasores. Él dirigirá las tropas griegas que se enfrentarán con los persas en la decisiva batalla de Maratón. La derrota persa impedirá la invasión del país.
El agente especial Ethan Hunt tiene una nueva misión: evitar que un despiadado ex-agente y ahora terrorista internacional se haga con un virus mortal que podría soltar sobre Australia causando millones de víctimas. Para evitarlo, contará otra vez con la inestimable ayuda del genio informático Luther Stickell, del experto conductor Billy Baird y de la presencia de la sensual y exótica ladrona internacional Nhye, que en el pasado mantuvo una relación sentimental con el criminal y que ahora se siente atraída por Hunt.