Con la FMI disuelta y Ethan Hunt abandonado a su suerte, el equipo tiene que enfrentarse contra el Sindicato, una red de agentes especiales altamente preparados y entrenados. Estos grupos están empeñados en crear un nuevo orden mundial mediante una serie de ataques terroristas cada vez más graves. Ethan reúne a su equipo y une sus fuerzas con la agente británica renegada Ilsa Faust, quien puede que sea o no miembro de esta nación secreta, mientras el grupo se va enfrentando a su misión más imposible hasta la fecha…
Una niña huérfana que ha sido secuestrada envía una nota dentro de una botella pidiendo ayuda. Bernardo y Bianca, dos valientes ratones, miembros de la Sociedad Internacional de Rescate, reciben el mensaje que los llevará al peligroso «Pantano del Diablo». Allí, ayudados por la libélula Evinrude y los habitantes del pantano, vivirán un sinfín de emocionantes aventuras luchando contra la malvada Madame Medusa
El Departamento de Policía de Massachussets se enfrenta a la mayor banda de crimen organizado de la ciudad de Boston. La estrategia consiste en acabar desde dentro con Frank Costello, el poderoso jefe de la mafia irlandesa. El encargado de infiltrarse en la banda es un joven novato, Billy Costigan. Mientras Billy intenta ganarse la confianza de Costello, otro joven policía, Colin Sullivan, sube rápidamente de categoría y ocupa un puesto en la unidad de Investigaciones Especiales, grupo de élite cuya misión también es acabar con Costello. Lo que nadie sabe es que Colin es un topo infiltrado en la policía por el propio Costello.
