Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro… ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?…
La Dra. Helen Benson es sacada repentinamente de su casa por la Agencia de Seguridad Nacional, y llevada junto a otros científicos. para intentar explicar las causas de un misterioso objeto del espacio que va a chocar de forma inmintente contra la isla de Manhattan. Pero la colisión no se produce, pues el OVNI, que resulta ser una nave espacial de origen desconocido, aterriza en medio de Central Park. Las extraordinarias circustancias que siguen a tan prodigioso acontecimiento, llevarán a la Dra. Helen a conocer a Klaatu, un extraterrestre humanoide que dice llegar a la Tierra con fines pacíficos, para advertir a la población.
Tras sufrir el ataque de un monstruoso jabalí maldito, el joven Ashitaka emprende el camino en busca de la cura que detenga la infección. Mientras, los humanos están acabando con los bosques y los dioses convertidos en temibles bestias hacen todo lo posible por protegerlo encabezados por Mononoke, una princesa guerrera. Ashikata deberá escoger bando y decidir si ayudar a los hombres o las deidades intentando detener la maldición de su herida que se extiende por su cuerpo sin cuartel.